Trang ChínhTìm kiếmThành viênNhómĐăng kýĐăng NhậpTrợ giúp

Share | 
 

 [Thắc mắc]Thực tập tin sinh học

Xem chủ đề cũ hơn Xem chủ đề mới hơn Go down 
Mon Dec 05, 2011 9:28 pm

avatar
Thank God!

Moderator

xoaixanh.muoiot

Moderator

Xem lý lịch thành viên
Nữ
Tổng số bài gửi 129
Coins 30144
Cám ơn : 8
Ngày tham gia : 18/03/2010
Đến từ TP hoa phượng đỏ.
Status : Thank God!

Bài gửiTiêu đề: [Thắc mắc]Thực tập tin sinh học

 
Các pạn 09CS iu vấu cho mình hỏi chút xíu về bài thực tập tin sinh.
Phần ôn tập.
Bài 4:
Câu hỏi có bao nhiêu chuỗi polypeptide có thể được mã hóa từ DNA2?
Mình phải chọn phần Min trong find ORF là bao nhiêu? Vì mình nghe thầy nói chuỗi polypeptide nhỏ nhất là 17 aa, mà khi làm bài này mình lại thấy có chuỗi polypeptide chỉ có 3 aa ???
Bài 12:
Đối với plasmid mang gene ngược chiều kim đồng hồ(ccw) thì vị trí bắt đầu của gen đó tính từ đâu? (phần có mũi tên hay không có mũi tên?)
Vì ở bài này(gạch đầu dòng thứ 3), ori nằm ngay trước gene kháng kháng sinh Amp,dài 100 bp: Hum đó thầy giảng:...nằm trước gen (ccw- ngược chiều) có nghĩa là nó nằm ở cạnh phần không có mũi tên của gen đó.
Trong khi, gạch đầu dòng phía trên (gen Amp-ccw, vị trí bắt đầu là 500, dài 800): thầy lại giải là gen Amp có vị trí là 500-1299 -> có nghĩa là vị trí bắt đầu gen (ccw) lại từ phần có mũi tên???
Các bạn giải đáp thắc mắc dùm mình với, cám ơn nhìu nhìu.



Mon Dec 05, 2011 10:05 pm

avatar
Sống là động nhưng lòng luôn bất động. Sống là thương nhưng lòng chẳng vấn vương.

Genus

minhduyx9

Genus

Xem lý lịch thành viên
Nam
Tâm trạng :
Thú cưng :
Tổng số bài gửi 28
Coins 29819
Cám ơn : 0
Ngày tham gia : 27/03/2010
Tuổi : 27
Đến từ TP HCM
Status : Sống là động nhưng lòng luôn bất động. Sống là thương nhưng lòng chẳng vấn vương.

Bài gửiTiêu đề: Re: [Thắc mắc]Thực tập tin sinh học

 
Huj đó mình cũng không biết làm câu 4. Cái bữa cuối thầy đã chỉ như seo : ( Không bik có nghe đúng hem nữa ^^!) Mình sẽ chọn trong phần Min là 100 và trên 6 frame. Seo đó ngồi đếm (hình như là 31 đoạn). Có thể chọn 50 tùy bạn thui. Còn cái dài nhất thì chọn Min trên 300 là được uj.

Còn câu 12 thì có lẽ do có chút rắc rối về mặc ngôn ngữ thôi. Thầy nói bắt đầu từ 500 và kéo dài 800 nu là thầy ngụ ý chỉ chiều dài thôi chứ không có ý là phương hướng. Nếu bạn bỏ qua cái từ "bắt đầu" đó đi thì mọi chuyện sẽ trở nên logic thôi. Bạn chỉ cần biết là ngược chiều kim đồng hồ thì mình gõ là 1299 - 500 và cái Ori thì ở phần không có mũi tên tức là 1300 - 1399. Mình chỉ biết có thế, các bạn nào có ý kiến thì bổ sung hay chỉnh sửa nhé.
01




Mon Dec 05, 2011 11:54 pm

avatar

Genus

conan_chip

Genus

Xem lý lịch thành viên
Tổng số bài gửi 21
Coins 30010
Cám ơn : 1
Ngày tham gia : 08/03/2010

Bài gửiTiêu đề: Re: [Thắc mắc]Thực tập tin sinh học

 
Ủa, mình nhớ là Thầy nói chọn min là 50 mà, nhưng ra kết quả 3 aa thì làm sao đây ta?



Tue Dec 06, 2011 12:43 am

avatar
Thank God!

Moderator

xoaixanh.muoiot

Moderator

Xem lý lịch thành viên
Nữ
Tổng số bài gửi 129
Coins 30144
Cám ơn : 8
Ngày tham gia : 18/03/2010
Đến từ TP hoa phượng đỏ.
Status : Thank God!

Bài gửiTiêu đề: Re: [Thắc mắc]Thực tập tin sinh học

 
minhduyx9 đã viết:
Huj đó mình cũng không biết làm câu 4. Cái bữa cuối thầy đã chỉ như seo : ( Không bik có nghe đúng hem nữa ^^!) Mình sẽ chọn trong phần Min là 100 và trên 6 frame. Seo đó ngồi đếm (hình như là 31 đoạn). Có thể chọn 50 tùy bạn thui. Còn cái dài nhất thì chọn Min trên 300 là được uj.

Còn câu 12 thì có lẽ do có chút rắc rối về mặc ngôn ngữ thôi. Thầy nói bắt đầu từ 500 và kéo dài 800 nu là thầy ngụ ý chỉ chiều dài thôi chứ không có ý là phương hướng. Nếu bạn bỏ qua cái từ "bắt đầu" đó đi thì mọi chuyện sẽ trở nên logic thôi. Bạn chỉ cần biết là ngược chiều kim đồng hồ thì mình gõ là 1299 - 500 và cái Ori thì ở phần không có mũi tên tức là 1300 - 1399. Mình chỉ biết có thế, các bạn nào có ý kiến thì bổ sung hay chỉnh sửa nhé.



Uhm. Cám ơn các pạn.
Nhưng ý kiến của pạn làm mình vẫn còn thắc mắc. Mình nhớ câu 4 là phải đếm số ORF mà mình không chọn đúng số aa min thì làm sao mình có thể có được câu trả lời (vì min= 50 sẽ ra số orf khác với min= 100)...
Còn câu 12, mình thắc mắc ở chỗ là nếu như không biết điểm đầu là ở đâu thì làm sao mình có thể trả lời câu hỏi (giả sử như sau): Ori-ccw: điểm bắt đầu là 500, dài 200 nu thì mình không biết đoạn Ori đó nằm ở vùng 500-301 hay 699-500?
Làm ơn pạn nào trả lời giúp mình đi. Thắc mắc lém lun đóa.



Tue Dec 06, 2011 9:47 am

avatar

Order

PinkPanther

Order

Xem lý lịch thành viên
Nam
Tâm trạng :
Thú cưng :
Tổng số bài gửi 182
Coins 29537
Cám ơn : 24
Ngày tham gia : 16/05/2010
Tuổi : 27
Đến từ HELL

Bài gửiTiêu đề: Re: [Thắc mắc]Thực tập tin sinh học

 
@xoài: theo như đề bài thì nói nằm trước AmpR và dài 100bp nên mình nhớ là hôm thầy giải bài tập làm như sau: Ori sẽ kéo dài 100 nu tính từ nu kế tiếp trước gen AmpR, có nghĩa là Ori tính từ vị trí 400-499. Theo mình nhớ là vậy đó.



Tue Dec 06, 2011 1:38 pm

avatar
bây giơ cứ nghĩ tới noel thôi ah

Order

quelam_leo

Order

Xem lý lịch thành viên
Nữ
Tâm trạng :
Thú cưng :
Tổng số bài gửi 164
Coins 30311
Cám ơn : 8
Ngày tham gia : 07/03/2010
Tuổi : 26
Đến từ Bình Định
Nghề nghiệp/Sở thích du lich
Status : bây giơ cứ nghĩ tới noel thôi ah

Bài gửiTiêu đề: Re: [Thắc mắc]Thực tập tin sinh học

 
xoaixanh.muoiot đã viết:
Các pạn 09CS iu vấu cho mình hỏi chút xíu về bài thực tập tin sinh.
Phần ôn tập.
Bài 4:
Câu hỏi có bao nhiêu chuỗi polypeptide có thể được mã hóa từ DNA2?
Mình phải chọn phần Min trong find ORF là bao nhiêu? Vì mình nghe thầy nói chuỗi polypeptide nhỏ nhất là 17 aa, mà khi làm bài này mình lại thấy có chuỗi polypeptide chỉ có 3 aa ???
Bài 12:
Đối với plasmid mang gene ngược chiều kim đồng hồ(ccw) thì vị trí bắt đầu của gen đó tính từ đâu? (phần có mũi tên hay không có mũi tên?)
Vì ở bài này(gạch đầu dòng thứ 3), ori nằm ngay trước gene kháng kháng sinh Amp,dài 100 bp: Hum đó thầy giảng:...nằm trước gen (ccw- ngược chiều) có nghĩa là nó nằm ở cạnh phần không có mũi tên của gen đó.
Trong khi, gạch đầu dòng phía trên (gen Amp-ccw, vị trí bắt đầu là 500, dài 800): thầy lại giải là gen Amp có vị trí là 500-1299 -> có nghĩa là vị trí bắt đầu gen (ccw) lại từ phần có mũi tên???
Các bạn giải đáp thắc mắc dùm mình với, cám ơn nhìu nhìu.
bài 4, L tìm ORF trên DNA2 đâu có polypeptid nào chỉ có 3aa đâu P, P kiểm tra lại xem, hoặc P xem lại bên độ dài của trình tự nu đem mã hóa của ORF đó. thử chiều dài tối thiểu của nó có là 50 không. L thấy có 1 số ORF chỉ mã hóa được 16aa nhưng mà trình tự nu của nó vẫn là 51. ak, cái này vì cần tìm tất cả ORF, không bỏ sót nên chọn giới hạn nhỏ nhất
bài 12, đúng là có thắc mắc thật, nhưng mà L ngĩ nếu có sơ sót j ở đây là ở gạch số 2 đó. chắc chờ đáp án ở bạn sau vậy, hay P gửi mail cho thầy luôn đi >"<, rùi giải đáp cho tui lun



Tue Dec 06, 2011 1:49 pm

Chỉ cần có niềm tin, không gì là không thể!

Species

beanns

Species

Xem lý lịch thành viên
Nữ
Tâm trạng :
Thú cưng :
Tổng số bài gửi 18
Coins 29628
Cám ơn : 0
Ngày tham gia : 14/04/2010
Tuổi : 27
Đến từ Tây Ninh
Status : Chỉ cần có niềm tin, không gì là không thể!

Bài gửiTiêu đề: Re: [Thắc mắc]Thực tập tin sinh học

 
Minh cũng thắc mắc, hỏi thầy thì dược thầy giải đáp vậy nè:
Câu 12:
Khi noi Ori nam ngay truoc gen
khang khang sinh, thi em phai tinh theo chieu cua gen khang khang sinh.
Tuc la nam o dau bang (duoi muoi ten) chu k phai dau mui ten. Trong de
cho AmpR nguoc chieu kim dong ho, -> gen AmpR 1299-> 500, vay Ori
se la 1300-1399.
Truong hop neu AmpR cung chieu kim dong ho thi vi tri se la 500-1299, thi Ori truoc gen se o vi tri 400-499.
Neu de bai cho gen AmpR k co' chieu, thi Ori cung se nam o vi tri 400-499.
Còn câu 4 bữa minh nhớ thầy giảng là chon Min 50 hay 100 j cung được



Tue Dec 06, 2011 1:53 pm

Chỉ cần có niềm tin, không gì là không thể!

Species

beanns

Species

Xem lý lịch thành viên
Nữ
Tâm trạng :
Thú cưng :
Tổng số bài gửi 18
Coins 29628
Cám ơn : 0
Ngày tham gia : 14/04/2010
Tuổi : 27
Đến từ Tây Ninh
Status : Chỉ cần có niềm tin, không gì là không thể!

Bài gửiTiêu đề: Re: [Thắc mắc]Thực tập tin sinh học

 
Các bạn cho minh hỏi cut fragment và remove fragment khác nhau nhu the nao. Khi minh cắt gen này thay bàng gen khác thi minh chon cut hay remove?
Ban nào bit giai dap giup minh,
Thanks! :D



Tue Dec 06, 2011 3:02 pm

avatar
Thank God!

Moderator

xoaixanh.muoiot

Moderator

Xem lý lịch thành viên
Nữ
Tổng số bài gửi 129
Coins 30144
Cám ơn : 8
Ngày tham gia : 18/03/2010
Đến từ TP hoa phượng đỏ.
Status : Thank God!

Bài gửiTiêu đề: Re: [Thắc mắc]Thực tập tin sinh học

 
Cảm ơn các pạn. Tui đã hỉu được pài 4. Tức là mình chọn min = 50 rồi ghi vô bài: số ORF với min= 50 là được.
quelam_leo đã viết:

bài 4, L tìm ORF trên DNA2 đâu có polypeptid nào chỉ có 3aa đâu P, P kiểm tra lại xem, hoặc P xem lại bên độ dài của trình tự nu đem mã hóa của ORF đó. thử chiều dài tối thiểu của nó có là 50 không.
L không hỉu câu hỏi của tui. Ý tui muốn hỏi là mình chọn giới hạn cho ORF là bao nhiêu? còn việc nó tìm ra có 3aa khi tui chọn min = 10 đó.



Tue Dec 06, 2011 3:27 pm

avatar

Family

Pany9x

Family

Xem lý lịch thành viên
Nữ
Tâm trạng :
Thú cưng :
Tổng số bài gửi 96
Coins 30125
Cám ơn : 10
Ngày tham gia : 07/03/2010
Tuổi : 26
Đến từ Đồng Nai
Nghề nghiệp/Sở thích Sanh dziên :D

Bài gửiTiêu đề: Re: [Thắc mắc]Thực tập tin sinh học

 
beanns đã viết:
Các bạn cho minh hỏi cut fragment và remove fragment khác nhau nhu the nao. Khi minh cắt gen này thay bàng gen khác thi minh chon cut hay remove?
Ban nào bit giai dap giup minh,
Thanks! :D
Cut là mình cắt đoạn đó ra để chèn vào 1 vị trí khác trên plasmid (loại ra và chèn lại vào được), còn Remove là mình loại bỏ nó ra khỏi plasmid lun (không chèn lại đoạn đó được). Khi mình cắt 1 gen và thay bằng một gen khác thì sẽ chọn remove (theo như lý thuyết) nhưng thực tế thì chọn cái nào cũng ra kết quả ^^! Còn nếu chuyển 1 gen từ vị trí A sang vị trí B thì buộc phải chọn Cut, chọn remove là xong phinh :P



Tue Dec 06, 2011 8:17 pm

avatar
Nếu không có những thứ bạn yêu, hãy yêu những thứ bạn có!

Family

kitten1445

Family

Xem lý lịch thành viên
Nữ
Tổng số bài gửi 61
Coins 30013
Cám ơn : 1
Ngày tham gia : 12/03/2010
Đến từ Nha Trang
Status : Nếu không có những thứ bạn yêu, hãy yêu những thứ bạn có!

Bài gửiTiêu đề: Re: [Thắc mắc]Thực tập tin sinh học

 
Câu 2 trang 59 làm ntn vậy các bạn?



Tue Dec 06, 2011 9:01 pm

avatar
Thank God!

Moderator

xoaixanh.muoiot

Moderator

Xem lý lịch thành viên
Nữ
Tổng số bài gửi 129
Coins 30144
Cám ơn : 8
Ngày tham gia : 18/03/2010
Đến từ TP hoa phượng đỏ.
Status : Thank God!

Bài gửiTiêu đề: Re: [Thắc mắc]Thực tập tin sinh học

 
kitten1445 đã viết:
Câu 2 trang 59 làm ntn vậy các bạn?
Đây là câu lý thuyết.Theo như mình nhớ thì:
Cả hai trình tự (SSU rRNA và GAPDH)đều được dùng để so sánh khoảng cách tiến hóa giữa các loài.
Khác:
SSU rRNA : Vì trình tự này bảo tồn, ít sai khác giữa các loài, nên dùng để so sánh khoảng cách tiến hóa giữa các loài có khoảng cách di truyền ngắn.
GAPDH : Đây là trình tự Protein, có sự biến đổi nhiều (so với SSU rRNA) giữa các loài, nên dùng để so sánh khoảng cách tiến hóa gữa hai loài xa nhau.
=> Cây phát sinh loài dựa trên trình tự SSU rRNA sẽ có ít sai khác hơn so với GAPDH, thậm chí nếu hai loài có quan hệ tiến hóa gần nhau thì các đường vẽ lại trùng lên nhau hoặc chỉ là những điểm.



Tue Dec 06, 2011 9:09 pm

avatar

Family

Pany9x

Family

Xem lý lịch thành viên
Nữ
Tâm trạng :
Thú cưng :
Tổng số bài gửi 96
Coins 30125
Cám ơn : 10
Ngày tham gia : 07/03/2010
Tuổi : 26
Đến từ Đồng Nai
Nghề nghiệp/Sở thích Sanh dziên :D

Bài gửiTiêu đề: Re: [Thắc mắc]Thực tập tin sinh học

 
xoaixanh.muoiot đã viết:

SSU rRNA : Vì trình tự này bảo tồn, ít sai khác giữa các loài, nên dùng để so sánh khoảng cách tiến hóa giữa các loài có khoảng cách di truyền ngắn.
GAPDH : Đây là trình tự Protein, có sự biến đổi nhiều (so với SSU rRNA) giữa các loài, nên dùng để so sánh khoảng cách tiến hóa gữa hai loài xa nhau.
=> Cây phát sinh loài dựa trên trình tự SSU rRNA sẽ có ít sai khác hơn so với GAPDH, thậm chí nếu hai loài có quan hệ tiến hóa gần nhau thì các đường vẽ lại trùng lên nhau hoặc chỉ là những điểm.
Hình như bạn Xoài bị nhầm ùi, Vy nhớ thầy nói là SSU-rRNA thường dùng để so sánh giữa các loài xa nhau vì nếu dùng so sánh những loài gần nhau quá thì khoảng cách tiến hóa quá nhỏ, không so sánh được với nhau, trong trường hợp này thì phải dùng protein mới có thể so sánh được :D



Tue Dec 06, 2011 10:07 pm

avatar
Thank God!

Moderator

xoaixanh.muoiot

Moderator

Xem lý lịch thành viên
Nữ
Tổng số bài gửi 129
Coins 30144
Cám ơn : 8
Ngày tham gia : 18/03/2010
Đến từ TP hoa phượng đỏ.
Status : Thank God!

Bài gửiTiêu đề: Re: [Thắc mắc]Thực tập tin sinh học

 
Ừa Ừa đúng. Xin lỗi. Mình ngược giữa hai cái. hehe. Mình xin được sửa lại.

Cả hai trình tự (SSU rRNA và GAPDH)đều được dùng để so sánh khoảng cách tiến hóa giữa các loài.
Khác:
SSU
rRNA : Vì trình tự này bảo tồn, ít sai khác giữa các loài, nên dùng để
so sánh khoảng cách tiến hóa giữa các loài có khoảng cách di truyền xa.
GAPDH : Đây là trình tự Protein, có sự biến đổi nhiều (so với
SSU rRNA) giữa các loài, nên dùng để so sánh khoảng cách tiến hóa gữa
hai loài gần.
=> Cây phát sinh loài dựa trên trình tự SSU rRNA
sẽ có ít sai khác hơn so với GAPDH, thậm chí nếu hai loài có quan hệ
tiến hóa gần nhau thì các đường vẽ lại trùng lên nhau hoặc chỉ là những
điểm.



Wed Dec 07, 2011 9:14 am

Chỉ cần có niềm tin, không gì là không thể!

Species

beanns

Species

Xem lý lịch thành viên
Nữ
Tâm trạng :
Thú cưng :
Tổng số bài gửi 18
Coins 29628
Cám ơn : 0
Ngày tham gia : 14/04/2010
Tuổi : 27
Đến từ Tây Ninh
Status : Chỉ cần có niềm tin, không gì là không thể!

Bài gửiTiêu đề: Re: [Thắc mắc]Thực tập tin sinh học

 
Các ban cho minh hoi cau 2 trang 28. Cac cau lenh ntn. minh lam thu nhiu truong hop co dau ngoac don va k co dau ngoac don deu ra kq khac o truong hop 2010 den nay
So bai trong nam 2008 va 2009 la tong cua 2 nam do hay sao?
Thanks các ban nhìu!



Wed Dec 07, 2011 9:41 am

avatar

Species

linhsan

Species

Xem lý lịch thành viên
Tổng số bài gửi 8
Coins 29649
Cám ơn : 1
Ngày tham gia : 11/04/2010

Bài gửiTiêu đề: Re: [Thắc mắc]Thực tập tin sinh học

 
câu lệnh nè bạn:
Bioinfomatics[journal] AND 2008:2009[DP]
hoặc là
bioinfomatics[journal] AND (2008[dp] OR 2009[dp])
kq:2981
tuong tu cho nam 2010 nha ban
bioinfomatics[journal] AND 2010:2011[dp]



Wed Dec 07, 2011 9:44 am

avatar

Species

linhsan

Species

Xem lý lịch thành viên
Tổng số bài gửi 8
Coins 29649
Cám ơn : 1
Ngày tham gia : 11/04/2010

Bài gửiTiêu đề: Re: [Thắc mắc]Thực tập tin sinh học

 
bioinformatics, mình đánh thiếu chữ "r", bổ sung jum mình nha.



Wed Dec 07, 2011 10:32 am


Family

tram_09cs

Family

Xem lý lịch thành viên
Nữ
Tâm trạng :
Thú cưng :
Tổng số bài gửi 54
Coins 29145
Cám ơn : 8
Ngày tham gia : 07/06/2010
Tuổi : 26
Đến từ Đồng Tháp

Bài gửiTiêu đề: Re: [Thắc mắc]Thực tập tin sinh học

 
"bioinformatics" nha bạn






Sponsored content

Bài gửiTiêu đề: Re: [Thắc mắc]Thực tập tin sinh học

 


 

[Thắc mắc]Thực tập tin sinh học

Xem chủ đề cũ hơn Xem chủ đề mới hơn Về Đầu Trang 
Trang 1 trong tổng số 1 trang

Permissions in this forum:Bạn không có quyền trả lời bài viết
09CS - University Of Science :: -‘๑’-Học tập-‘๑’- :: -‘๑’-Góc thảo luận học tập-‘๑’--
Free forum | © phpBB | Free forum support | Liên hệ | Report an abuse | Free blog